SPAdes¶

简介¶

SPAdes是一个通用工具包，旨在用于测序数据的组装和分析。SPAdes主要开发用于Illumina测序数据，但也可以用于IonTorrent。SPAdes的大多数管道都支持混合模式，即允许使用长读段（PacBio和Oxford Nanopore）作为补充数据。

SPAdes软件包包含用于分离和单细胞细菌的组装管道，以及用于宏基因组和转录组数据的管道。其他模式允许发现细菌质粒和RNA病毒，以及执行HMM指导的组装。此外，SPAdes软件包还包括用于高效k-mer计数和基于k-mer的读取过滤、装配图构建和简化、序列到图比对和宏基因组分类精化的补充工具。

安装环境¶

使用方法¶

1. 加载环境

   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load spades         #集群2为：module load apps/spades
   

2. 编辑slurm脚本

   #!/bin/bash
   #FILENAME:spades.slurm
   
   #SBATCH --job-name=spades
   #SBATCH --partition=cpuXeon6458
   #SBATCH -N 1
   #SBATCH --cpus-per-task=40
   #SBATCH --output=job.%j.out
   #SBATCH --error=job.%j.err
   
   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load spades         #集群2为：module load apps/spades
   #以下脚本运行参数以实际为准
   spades.py --pe1-1 xxxxxx.fastq.gz --pe1-2 xxxxxx.fastq.gz -o xxxxxxx
   

3. 提交slurm脚本

   sbatch spades.slurm
   

SPAdes案例运行¶

1. 在加载运行环境

   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load spades         #集群2为：module load apps/spades
   

2. 拷贝算例脚本

   cp ${SPADES_SAMPLE}/spades_sample.slurm ~         #拷贝案例脚本
   

3. 算例脚本内容

   #!/bin/bash
   #SBATCH --job-name=spades_demo
   #SBATCH --partition=cpuXeon6458
   #SBATCH -N 1
   #SBATCH --cpus-per-task=20
   #SBATCH --output=job.%j.out
   #SBATCH --error=job.%j.err
   
   module load apps/anaconda3
   module load apps/spades
   spades.py --pe1-1 $SPADES_SAMPLE/SRR341725_1.fastq.gz --pe1-2 $SPADES_SAMPLE/SRR341725_2.fastq.gz -o spades_demo
   

4. 提交spades计算任务

   sbatch spades_sample.slurm
   

5. 计算输出结果在~/spades_demo目录中

参考资料¶

SPADES Github

Contributor：肥恩