MEGAHIT¶

简介¶

Megahit是一个二代测序从头组装工具， 用于以时间和成本有效的方式组装大型和复杂的宏基因组数据,和其他基因组组装软件相比，Megahit在计算时间和内存消耗方面有着巨大优势，适用于土壤等复杂环境样本的组装和大量样本的混合组装。 MEGAHIT将数据整体组装在一起，即不需要像分区和规范化那样的预处理。

安装环境¶

使用方法¶

1. 加载环境

   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load megahit        #集群2为：module load apps/megahit
   

2. 编辑slurm脚本

   #!/bin/bash
   #FILENAME:megahit.slurm
   
   #SBATCH --job-name=megahit
   #SBATCH --partition=cpuXeon6458
   #SBATCH -N 1
   #SBATCH --cpus-per-task=40
   #SBATCH --output=job.%j.out
   #SBATCH --error=job.%j.err
   
   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load megahit        #集群2为：module load apps/megahit
   #以下脚本运行参数以实质为准
   megahit -1 xxxxxx_1.fastq.gz -2 xxxxxx_2.fastq.gz -o xxxxxx
   

3. 提交slurm脚本

   sbatch megahit.slurm
   

Megahit案例运行¶

1. 在加载运行环境

   module load anaconda       #集群2为：module load apps/anaconda3
   module load megahit        #集群2为：module load apps/megahit
   

2. 拷贝算例脚本

   cp ${MEGAHIT_SAMPLE}/megahit_sample.slurm ~         #拷贝案例脚本
   

3. 算例脚本内容

   #!/bin/bash
   #SBATCH --job-name=megahit_demo
   #SBATCH --partition=cpuXeon6458
   #SBATCH -N 1
   #SBATCH --cpus-per-task=20
   #SBATCH --output=job.%j.out
   #SBATCH --error=job.%j.err
   
   module load apps/anaconda3
   module load apps/megahit
   megahit -1 $MEGAHIT_SAMPLE/SRR341725_1.fastq.gz -2 $MEGAHIT_SAMPLE/SRR341725_2.fastq.gz -o SRR341725.megahit_asm_demo
   

4. 提交megahit计算任务

   sbatch megahit_sample.slurm
   

5. 计算输出结果在~/SRR341725.megahit_asm_demo目录中

参考资料¶

Megahit Github

Contributor：肥恩