GROMACS¶

简介¶

GROMACS是一种分子动力学应用程序，可以模拟具有数百至数百万个粒子的系统的牛顿运动方程。 GROMACS旨在模拟具有许多复杂键合相互作用的生化分子，例如蛋白质，脂质和核酸。

安装列表¶

序号	集群	平台	版本	编译选项	模块名	安装位置
1	hpckapok1	cpu	2024.2	gcc11.4.0,openmpi5.0.3	gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-cpu	/share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-cpu
2	hpckapok1	cpu	2023.3	oneapi2023.2.0	gromacs/2023	/share/software/gromacs/2023.3-oneapi
3	hpckapok1	GPU	2024.2	gcc，openmpi,cuda11.8	gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-gpu	/share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware
4	hpckapok2	cpu	2021.5	oneapi2021.3	apps/gromacs/intelmpi/2021.5	/public/software/apps/gromacs/intelmpi/2021.5
5	hpckapok2	cpu	2024.2	gcc,openmpi	apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-cpu	/public/software/apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-cpu
6	hpckapok2	GPU	2024.2	gcc,openmpi,cuda12.3	apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-GPU-aware	/public/software/apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-gpu-aware

使用gmx_mpi -version可以查看编译选项，比如：

$ /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware/gmx_mpi -version
                     :-) GROMACS - gmx_mpi, 2024.2 (-:

Executable:   /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware/bin/./gmx_mpi
Data prefix:  /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware
Working dir:  /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware/bin
Command line:
  gmx_mpi -version

GROMACS version:     2024.2
Precision:           mixed
Memory model:        64 bit
MPI library:         MPI
MPI library version: Open MPI v4.1.5, package: Open MPI abuild@obs-worker1 Distribution, ident: 4.1.5, repo rev: v4.1.5, Feb 23, 2023
OpenMP support:      enabled (GMX_OPENMP_MAX_THREADS = 128)
GPU support:         CUDA
NBNxM GPU setup:     super-cluster 2x2x2 / cluster 8

... ...

使用方法¶

hpckapok1¶

cpu版(2024.2-gcc-openmpi5-cpu)¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name gromacs_job
#SBATCH --partition cpuXeon6458
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=16

module load gcc/11.4.0
module swap openmpi4 mpi/openmpi/5.0.3_gnu
module load gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-cpu
#或者用如下命令加载gromacs
#source /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-cpu/bin/GMXRC

gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -maxwarn 6 -o md_0_1.tpr
mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md_0_1

cpu版(2023)¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name gromacs_job
#SBATCH --partition cpuXeon6458
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=16

module load oneapi/2024.0
module load gromacs/2023
#或者用如下命令加载gromacs
#source /share/software/gromacs/2023.3-oneapi/bin/GMXRC

gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -maxwarn 6 -o md_0_1.tpr
mpirun -np 16 gmx_mpi mdrun -v -deffnm md_0_1

gpu版(2024.2-gcc-openmpi5-gpu)¶

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name gromacs_job
#SBATCH --partition gpuA800
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH --ntasks-per-node=9

module load cuda/12.3
module swap openmpi4 mpi/openmpi/5.0.3
module load gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-gpu
#或者用如下命令加载gromacs
#source /share/software/gromacs/2024.2-gcc-openmpi5-GPU-aware/bin/GMXRC

gmx_mpi grompp -f md.mdp -c npt.gro -r npt.gro -t npt.cpt -p topol.top -n index.ndx -maxwarn 6 -o md_0_1.tpr
mpirun -np 9 gmx_mpi mdrun -nb gpu -v -deffnm md_0_1

集群1的算例可以在/share/case/gromacs/gromacsJob1中找到。

hpckapok2¶

cpu版本(2024.2-gcc-cpu)¶

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs_job
#SBATCH -p cpuXeon6458
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64

module load compiler/gcc/11.4.0
module load mpi/openmpi/gnu/5.0.3
module load apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-cpu
#或者用如下命令加载gromacs
#source /public/software/apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-cpu/bin/GMXRC

mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -v  -deffnm nvt

cpu版本(intelmpi/2021.5)¶

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs_job
#SBATCH -p cpuXeon6458
#SBATCH -N 1
#SBATCH -n 64

module load compiler/intel/2021.3.0
module load mpi/intelmpi/2021.3.0
module load apps/gromacs/intelmpi/2021.5
#或者用如下命令加载gromacs
#source /public/software/apps/gromacs/intelmpi/2021.5/bin/GMXRC

mpirun -np 64 gmx_mpi mdrun -v  -deffnm nvt

gpu版本(2024.2-gcc-GPU-aware)¶

#!/bin/bash
#SBATCH -J gromacs_job
#SBATCH -p gpuA800
#SBATCH -N 1
#SBATCH --gres=gpu:1
#SBATCH -n 8

module load compiler/gcc/11.4.0
module load mpi/openmpi/gnu/5.0.3
module load cuda/12.3.0
module load apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-GPU-aware
#或者用如下命令加载gromacs
#source /public/software/apps/gromacs/openmpi/2024.2-gcc-gpu-aware/bin/GMXRC

mpirun -np 8 gmx_mpi mdrun -v  -deffnm nvt -nb gpu

集群2的算例可以在/public/software/share/case/gromacs/gmx-1找到。

SCOW平台¶

Step 1. 在scow平台打开作业，点击提交作业

Step 2. 在提交作业界面，选择集群分区，填写相应代码作业和指向测试文件，选择节点和核心

Step 3. 填写输出文件位置，点击提交作业

参考资料¶

Contributor：B君、mzliu

最后更新: 2025 年 06 月 30 日