LAMMPS¶

简介¶

LAMMPS 是大规模原子分子并行计算代码，在原子、分子及介观体系计算中均有重要应用，并行效率高，广泛应用于材料、物理、化学等模拟。

安装环境¶

序号	集群	平台	版本	位置	安装方式
1	hpckapok1	Cpu	20230802	/share/software/lammps-2Aug2023	源代码
2	hpckapok1	Cpu	20230802	/share/software/anaconda3/envs/lammps20230802-cpu	Conda

使用方法¶

源代码安装包¶

slurm 脚本内容：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name lammps_job
#SBATCH --partition cpuXeon6458
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=10
module load oneapi/2024.0
module load lammps/2Aug2023
mpirun lmp_intel_cpu_intelmpi -i temp.2.in

提交作业：

sbatch lammps_job.sh

conda 安装包¶

slurm 脚本内容：

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name lammps_job
#SBATCH --partition cpuXeon6458
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=10
module load oneapi/2024.0
module load anaconda/3-2023.09
source activate lammps20230802-cpu
mpirun lmp -i temp.2.in

提交作业：

sbatch lammps_job.sh

自行编译¶

1.从官网获得最新的 LAMMPS，推荐下载最新的版本

$ wget https://download.lammps.org/tars/lammps-stable.tar.gz

2.加载编译器：

$ source /share/software/compilers/oneapi/2022.1.1/setvars.sh

3.编译

$ tar xvf lammps-stable.tar.gz
$ cd lammps-XXXXXX
$ cd src
$ make                                            #查看编译选项
$ make package                                    #查看可用的包
$ make ps                                         #查看目前安装包列表,从中可选择相应安装包
$ make yes-intel yes-manybody yes-meam yes-rigid  #添加所需的包
$ make -j 8 intel_cpu_intelmpi                    #开始编译,其中intel_cpu_intelmpi = INTEL package, Intel MPI, MKL FFT

4.环境设置

编译成功后，src 文件夹下将生成可执行文件 lmp_intel_cpu_intelmpi(文件名由编译选项决定，如mpi为lmp_mpi)

为了便于后续调用，一个简单的方法是将该文件移至 ~/bin 文件夹：

$ mkdir ~/bin
$ cp lmp_intel_cpu_intelmpi ~/bin

编辑~/.bashrc文件添加：

export ~/bin

此时即可在环境中使用lmp_intel_cpu_intelmpi

附件¶

lammps手册
测试作业样例： LAMMPS.zip

Contributor：mzliu

最后更新: 2025 年 06 月 30 日