R-studio-server

简介

RStudio Server 是一个基于网页的 R 编程开发环境（IDE），允许用户通过浏览器使用 R 语言进行数据分析、绘图和开发。它运行在服务器端，适合团队共享、集群环境或远程开发场景。用户无需在本地安装 RStudio，只需网络浏览器即可访问完整的 RStudio 图形界面，非常适合科研、教学和数据科学工作流。

安装环境

序号

集群

平台

版本

位置

安装方式

1

hpckapok1&2

Cpu/Gpu

容器打包

2

hpckapok2

Cpu/Gpu

2025.9

/public/software/Rstudio/server-2025.9/

容器打包

使用方式

交互式应用

请参考以下图片进行操作

../../../_images/098d8a83e6ca882abec8144b0c118a10.png ../../../_images/1fbcc26864c72d6af26469f234ecd363.png ../../../_images/7feeff5b45afc13ce81a8ec6b2261f50.png

容器镜像

  1. 通过salloc 申请 计算资源

# 申请计算资源
salloc -N 1 -p cpuXeon6458 --cpus-per-task=64 -x comput[185-196]

  1. 根据分配的计算节点，使用 ssh -Y <计算节点> 登录至计算节点。例如下图，分配的节点为comput1，则命令为： ssh -Y comput1

../../../_images/fluent3.jpg

  1. 运行以下命令，启动R-studio-server，运行前请通过conda 创建好虚拟R环境

module load apps/singularity-app/R-studio-server-2025
R-studio-server-start.sh

  1. 命令执行之后，会提示选择需要使用的R环境，根据提示输入选择即可

../../../_images/server-start.png

  1. 环境初始化完成后，会自动打开firefox浏览器，输入"R.home()",可以确认R环境来源

../../../_images/firefox.png

二次开发

有其他想法的同学如果需要二次调整，可以自行把容器镜像拉取到本地进行调整

镜像路径：/public/software/Rstudio/server-2025.9/R-studio-2025-9.sif

无systemd 环境下启动R studio server方式：

export R_PORT=$(shuf -i 20000-65535 -n 1)
echo "server 端口：" $R_PORT
mkdir -pv $HOME/rstudio-server/{data,run}
# 运行 RStudio Server
singularity exec \
-B $HOME/rstudio-server/data:/var/lib/rstudio-server/ \
-B $HOME/rstudio-server/run:/var/run/rstudio-server/ \
R-studio-2025-9.sif \
/bin/bash -c "
    source  /.singularity.d/env/90-conda-env.sh
    conda activate <conda环境路径>
    rserver --server-daemonize=0 --www-port=$R_PORT
" &

前置知识：

  1. apptainer(曾用名：singularity)

Contributor：rkwu

最后更新: 2025 年 12 月 04 日