Conda¶

简介¶

Conda是一个可在Linux、macOS和Windows上运行的开源软件包管理和环境管理系统。Conda可快速安装、运行和升级软件包及其依赖包。Conda可在本地计算机上轻松地进行创建、保存、加载和切换环境。它是为Python程序创建的，但是也可以打包和分发适用于任何语言的软件。

Conda作为软件包管理器，可以帮助用户查找和安装软件包。如果用户需要一个使用其他版本的Python的软件包，无需切换到其他环境管理器，因为Conda也是环境管理器，仅需几个命令，用户就可以设置一个完全独立的环境来运行该不同版本的Python，同时继续在正常环境中运行用户通常的Python版本。

使用方法¶

一、首先介绍Conda常见的一些指令

conda list[-n env_name]                              #查看当前环境(指定环境)下安装的包；
conda env list                                       #查看当前存在哪些虚拟环境
conda create -n env_name [python=<version>]          #创建环境，并指定python版本，或者安装包等；
source activate env_name                             #激活虚拟环境
conda deactivate                                     #退出虚拟环境
conda search pkg_name                                #查找安装包
conda update pkg_name                                #更新指定的安装包；
conda remove pkg_name                                #删除指定的安装包
conda remove -n env_name --all                       #删除指定环境；

二、使用conda创建python环境；创建一个python环境，并在虚拟环境中安装tensorflow gpu 1.14.0版本库；

#创建时可以指定Python版本，不指定的话会使用默认的版本(miniconda自带的Python版本)；
conda create -n TensorFlow-1.14.0 -y

# 进入上一步创建好的环境;
source activate TensorFlow-1.14.0

# 安装相应的库；
conda install tensorflow-gpu=1.14.0 # 根据自己的需要安装相应的库；

# 安装pip并使用pip安装 python 库；
conda install pip     # 环境中需要先安装pip
pip install numpy     # 根据自己的需要安装相应的库

# 退出当前的虚拟环境；
conda deactivate境

三、使用conda管理R语言环境；

R是用于统计分析、绘图的语言和操作环境。R是属于GNU系统的一个自由、免费、源代码开放的软件，它是一个用于统计计算和统计制图的优秀工具

# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 3.6.0版本;
conda create -n myEnvR r=3.6.0 -y

# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR

# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi

# 如果需要用到图形节点，安装rstudio
conda install rstudio

# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate

如果需要安装4.0的版本，可以通过以下步骤安装，4.0版本暂时无法通过conda安装rstudio

# 创建虚拟环境，并在创建的时候指定安装R 4.0版本;
conda create -n myEnvR4.0 r=4.0 -c conda-forge -y

# 进入上一步创建好的虚拟环境；
source activate myEnvR4.0

# 安装R语言库，比如stringi
conda install r-stringi -c conda-forge

# 安装完后就可以用R语言环境了，如果要退出当前环境则执行以下指令；
conda deactivate

四、使用conda管理perl语言环境；

# 创建虚拟环境；
conda create -n myEnv

# 进入创建好的虚拟环境；
source activate myEnv

# 安装perl和cpan
conda install -c bioconda perl perl-app-cpanminus

# 安装perl相关库
cpanm My::Module

五、通过conda安装生信软件。 bioconda 就是一个conda中专门用来提供生信软件的 channel，提供有超过7000个的生信软件，以下是通过conda安装生信软件的例子

# 创建虚拟环境
conda create -n anvio
# 切换到创建好的环境
source activate anvio
# 安装anvio
conda install -c bioconda anvio -y

六、conda 创建个人虚拟环境如果一开始没有配置过.condarc文件，是无法创建个人的虚拟环境。

请运行以下命令，创建配置文件:

cat > ~/.condarc << eof
auto_activate_base: false
pkgs_dirs:
 -  $HOME/.conda/pkgs
eof

最后更新: 2025 年 06 月 30 日